Le trail running en Bourgogne-Franche-Comté se pratique idéalement du printemps à l'automne. Le mois de mai est fantastique pour découvrir le Morvan en pleine renaissance printanière. L'été est particulièrement agréable sur les crêtes du Jura où l'altitude tempère les fortes chaleurs, offrant des conditions parfaites pour de longues traversées en forêt. L'automne, et particulièrement le mois d'octobre, est sans doute la saison la plus spectaculaire : les vignobles de Bourgogne se parent d'or et de rouge, offrant un cadre magique pour courir. En hiver, la région se transforme en paradis pour le trail blanc, notamment dans le Doubs et le Jura, permettant de continuer la pratique sur neige avec un équipement adapté, ce qui constitue un excellent entraînement pour la proprioception et la puissance.